circRNA pull down * 技術(shù)簡(jiǎn)介

目前，circRNA pull down技術(shù)絕大部分是基于接口序列設(shè)計(jì)探針捕獲circRNA及其結(jié)合蛋白。由于受限于接口處序列特征，很多circRNA無法設(shè)計(jì)出理想的探針，最終導(dǎo)致實(shí)驗(yàn)失敗。 我司開發(fā)了一種新型的circRNA pull down方法（已獲國(guó)家知識(shí)產(chǎn)權(quán)局發(fā)明專利授權(quán)，專利號(hào)：ZL 2021 1 1160837.9），通過構(gòu)建circRNA過表達(dá)載體，使circRNA連上一段16nt的短RNA序列標(biāo)簽（命名為F2），該標(biāo)簽與其特異性配體具有很強(qiáng)的親和力，因此可利用該系統(tǒng)高效調(diào)取靶RNA序列及其結(jié)合蛋白。最終通過western blot或LC-MS/MS實(shí)驗(yàn)檢測(cè)洗脫液中靶RNA的潛在結(jié)合蛋白，還可通過qPCR實(shí)驗(yàn)檢測(cè)能夠結(jié)合靶circRNA的miRNA。

（圖：circRNA pull down發(fā)明專利證書—輝駿生物）

憑借多年RNA和蛋白研究經(jīng)驗(yàn)，輝駿生物已掌握先進(jìn)的 circRNA pull-down 技術(shù)，幫助您識(shí)別 miRNA/RBP 和 circRNA 之間的相互作用。每個(gè)項(xiàng)目都是完全定制的，以滿足您的科學(xué)需求，我們經(jīng)驗(yàn)豐富的團(tuán)隊(duì)可以為您提供靈活的解決方案，以更快的時(shí)間和更低的價(jià)格給您最可靠的服務(wù)。售后技術(shù)支持將一直保持到文章發(fā)表，確保您安心進(jìn)行下游實(shí)驗(yàn)及投稿。如果您對(duì)circRNA pull-down有任何實(shí)驗(yàn)問題，請(qǐng)隨時(shí)與我們聯(lián)系！

circRNA pull-down * 實(shí)驗(yàn)流程

circRNA pull down * 應(yīng)用背景

環(huán)狀RNA（circRNA）是單鏈共價(jià)閉合的RNA分子，廣泛存在于各物種中。據(jù)報(bào)道，circRNA可作為轉(zhuǎn)錄調(diào)控因子、microRNA海綿和蛋白翻譯模板發(fā)揮生物學(xué)功能。

除此之外，circRNA還可以結(jié)合蛋白質(zhì)來發(fā)揮作用，如：

以上這些作用模式又不是相互獨(dú)立的，而是可能存在重疊。

由于蛋白質(zhì)是幾乎所有生命活動(dòng)的直接效應(yīng)分子，因此研究circRNA與蛋白的相互作用極大地拓展了我們對(duì)circRNA功能的認(rèn)知。

聯(lián)系技術(shù)支持

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circRNA pull down * 輝駿服務(wù)內(nèi)容

circRNA pull down * 樣本要求

▲注意：以上均為每組樣本的送樣量，如果實(shí)驗(yàn)和對(duì)照組用的樣本一致，此樣本量*2。詳細(xì)送樣指南可聯(lián)系輝駿生物索取。

保存及運(yùn)輸：-80℃保存，干冰取樣/運(yùn)輸，至少在送樣前2天通知我司。

circRNA pull down * 結(jié)果示例

circRNA成環(huán)檢測(cè)（qPCR）

circRNA調(diào)取效率檢測(cè)（qPCR）

RNA pull down WB檢測(cè)圖（陽(yáng)性）

RNA pull down MS質(zhì)譜檢索表格（部分展示）

實(shí)驗(yàn)組獨(dú)有蛋白（潛在結(jié)合蛋白）的生物信息學(xué)分析結(jié)果示例

聯(lián)系技術(shù)支持

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circRNA pull down * 文章解析

Wang L.Y. Circular RNA circRHOT1 promotes hepatocellular carcinoma progression by initiation of NR2F6 expression. 

Molecular Cancer. 2019. (IF= 27.401).

circRHOT1通過激活NR2F6促進(jìn)肝細(xì)胞癌進(jìn)程

研究概述

利用在線數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)肝細(xì)胞癌(HCC)組織和癌旁組織的circRNA表達(dá)水平分析顯示，circRHOT1是在HCC中上調(diào)很明顯的一種保守性的circRNA，因此作者以circRHOT1為對(duì)象研究了其在HCC中的作用機(jī)制。iegcircRHOT1通過募集TIP60蛋白到NR2F6啟動(dòng)子來促進(jìn)其表達(dá)，進(jìn)而促進(jìn)HCC進(jìn)程。circRHOT1和NR2F6是HCC預(yù)后的潛在生物標(biāo)志物，但由于在HCC患者中抑制circRHOT1較為困難，因此藥理學(xué)上抑制NR2F6可能更有希望。

研究路線

輝駿生物提供的circRNA pull down服務(wù)分為以下兩種：

1. circRNA pulldown WB，用于檢測(cè)某細(xì)胞中的目標(biāo)circRNA與待測(cè)蛋白是否存在相互作用；

2. circRNA pulldown MS，用于篩選某細(xì)胞中的目標(biāo)circRNA與哪些蛋白具有相互作用。

添加技術(shù)員微信溝通實(shí)驗(yàn)

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circRNA pull-down服務(wù)優(yōu)勢(shì)*輝駿生物

1. 該F2親和純化系統(tǒng)為輝駿生物自主研發(fā)，F(xiàn)2標(biāo)簽與其特異性配體具有非常高的親和力，保證了該系統(tǒng)能夠高效調(diào)取circRNA及其結(jié)合蛋白，并且捕獲特異性更強(qiáng)。

2. 由于F2標(biāo)簽是跨接口設(shè)計(jì)，只有當(dāng)形成circRNA時(shí)才能保證F2標(biāo)簽的完整性，因此可以有效去除線性基因的背景干擾。

3. 不受限于circRNA接口處序列，適用范圍更廣。

4. circRNA pull down結(jié)合質(zhì)譜的方法能夠高通量的篩選與靶circRNA結(jié)合的蛋白。

circRNA pull down樣本要求

1. 送樣量要求

▲注意：這里列出的均為每組樣本的送樣量，如果實(shí)驗(yàn)和對(duì)照組用的樣本一致，此樣本量*2。詳細(xì)送樣指南可聯(lián)系輝駿生物客服或銷售索取。

2. 樣本保存和運(yùn)輸要求：

（1）樣本用PBS清洗干凈后，離心去掉液體，先放入液氮中速凍，再轉(zhuǎn)移至-80℃冰箱中保存；

（2）樣本一定要做好標(biāo)記，應(yīng)用油性防凍記號(hào)筆或標(biāo)簽紙?jiān)诠苌献⒚鳂颖久Q或編號(hào)；

（3）樣本較多或需要分批做，要將樣本分裝；

（4）干冰取樣/運(yùn)輸；需要至少在送樣前一天通知我方。

circRNA pull down結(jié)果示例

circRNA成環(huán)檢測(cè)（qPCR）

circRNA調(diào)取效率檢測(cè)（qPCR）

憑借10多年的 RNA 研究經(jīng)驗(yàn)，輝駿生物已掌握先進(jìn)的 circRNA pull-down 技術(shù)，幫助您識(shí)別 miRNA/RBP 和 circRNA 之間的相互作用。每個(gè)項(xiàng)目都是完全定制的，以滿足您的科學(xué)需求，我們經(jīng)驗(yàn)豐富的團(tuán)隊(duì)可以為任何個(gè)人要求提供靈活的解決方案，以更快的周轉(zhuǎn)時(shí)間和更低的價(jià)格向客戶保證最可靠和最有效的研究服務(wù)。如果您對(duì)CircRNA pulldown有任何實(shí)驗(yàn)問題，請(qǐng)隨時(shí)與我們聯(lián)系！

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Q1：獲得的蛋白復(fù)合產(chǎn)物少？

A1：①可能是樣本蛋白量不夠，可提高樣本用量；

②可能是孵育時(shí)間不夠，延長(zhǎng)孵育時(shí)間(如孵育過夜)，但需要注意孵育時(shí)間過長(zhǎng)也可能會(huì)導(dǎo)致非特異性結(jié)合增多。

Q2：如何減少非特異性蛋白的結(jié)合？獲得的復(fù)合物雜蛋白多

A2：可能是非特異性的蛋白結(jié)合在磁珠上，可通過增加漂洗時(shí)間和次數(shù)，或?qū)颖具M(jìn)行預(yù)處理：先與磁珠孵育，去除非特異結(jié)合蛋白。