RNA pull down * 實驗簡介

RNA pull down是體外條件下尋找目標RNA的結(jié)合蛋白的方法。先將體外轉(zhuǎn)錄的RNA結(jié)合到Beads上，再將RNA-Beads和細胞裂解液孵育，這樣與目標RNA結(jié)合的蛋白便會一起吸附在Beads上。洗滌掉不結(jié)合的蛋白后，用洗脫液將RNA-protein復合物從Beads洗脫下來，之后可以采用Western Blot技術檢測特定的結(jié)合蛋白，還可以采用質(zhì)譜方法鑒定與目標RNA結(jié)合的未知蛋白。

RNA pull down * 實驗流程

RNA pull down * 應用背景

RNA結(jié)合蛋白（RNA binding protein，RBP）是一類功能強大而廣泛的調(diào)節(jié)因子，約占細胞編碼的所有蛋白的5%~10%。目前除了少數(shù)RNA以核酶形式單獨發(fā)揮功能，大部分RNA通過與蛋白結(jié)合形成RNA-蛋白復合物來發(fā)揮作用。  

一方面，RBP參與RNA合成、可變剪接、修飾、轉(zhuǎn)運、翻譯及胞內(nèi)定位等多個轉(zhuǎn)錄后調(diào)控過程，調(diào)控mRNA穩(wěn)定性、lncRNA活性、miRNA沉默復合體形成等生物學過程；另一方面，RNA也會調(diào)節(jié)這些蛋白質(zhì)的活性、定位或與其他蛋白質(zhì)相互作用，從而影響RBP介導的各種細胞事件。RNA與蛋白質(zhì)的相互作用對于維持細胞穩(wěn)態(tài)是非常重要的，干擾這種相互作用將會導致細胞功能失調(diào)和相關疾病的發(fā)生。  

目前研究RNA-蛋白質(zhì)相互作用的方法分為兩大類：一是以感興趣的RNA為中心，尋找與該RNA結(jié)合的蛋白質(zhì)；二是以感興趣的蛋白質(zhì)為中心，尋找與該蛋白質(zhì)結(jié)合的RNA。RNA pull down屬于前者，通過體外轉(zhuǎn)錄的方式將感興趣的RNA帶上標簽，通過該標簽使RNA結(jié)合到樹脂支持物上，再加入樣本蛋白質(zhì)與RNA結(jié)合，洗滌、洗脫得到與目標RNA結(jié)合的蛋白質(zhì)。

技術支持聯(lián)系

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RNA pull down * 輝駿服務內(nèi)容

服務項目	服務內(nèi)容	結(jié)果交付	實驗周期	客戶提供	價格
RNA pull down WB （驗證型）	制備RNA正義鏈和反義鏈探針	探針電泳圖	3-4周	實驗樣本 目標基因質(zhì)粒模板 待測蛋白抗體 實驗信息表	點擊詢價
	Western blot檢測樣本中的待測蛋白	Western blot檢測圖
	RNA pull down捕獲目標RNA及其結(jié)合蛋白	RNA pull down實驗報告 Western blot檢測圖
RNA pull down MS （篩選型）	制備RNA正義鏈和反義鏈探針	探針電泳圖	5-6周	實驗樣本 目標基因質(zhì)粒模板 實驗信息表	點擊詢價
	RNA pull down捕獲目標RNA及其結(jié)合蛋白	SDS-PAGE銀染檢測圖 RNA pull down實驗報告
	LC-MS/MS檢測及數(shù)據(jù)分析	質(zhì)譜檢索結(jié)果及報告 互作蛋白篩選表格 生信分析結(jié)果和報告

RNA pull down * 樣本要求

樣本類型	RNA pull down WB建議送樣量	RNA pull down MS建議送樣量
動物細胞	3*10e7個細胞/組（約3個10cm皿）	5*10e7個細胞/組（約5個10cm皿）
動物組織	1g/組	2g/組
植物葉片	2g/組	4g/組
植物根或果實	4g/組	8g/組
菌體	50ul菌體沉淀/組	100ul菌體沉淀/組

▲注意：以上均為每組樣本的送樣量，如果實驗和對照組用的樣本一致，此樣本量*2。詳細送樣指南可聯(lián)系輝駿生物索取。

保存及運輸：-80℃保存，干冰取樣/運輸，至少在送樣前2天通知我司。

RNA pull down * 結(jié)果示例

左：RNA pull down WB檢測圖（陽性）；    右：RNA pull down MS產(chǎn)物銀染圖

RNA pull down MS質(zhì)譜檢索表格（部分展示）

正義鏈組獨有蛋白（潛在結(jié)合蛋白）的生物信息學分析結(jié)果（部分展示）

技術支持聯(lián)系

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RNA pull-down 服務案例—客戶文章解析

The lncRNA LAMP5-AS1 drives leukemia cell stemness by directly modulating DOT1L methyltransferase activity in MLL leukemia. 

Journal of Hematology & Oncology. 2020. (中科院1區(qū)，IF=23.168)

lncRNA LAMP5-AS1通過調(diào)控DOT1L甲基轉(zhuǎn)移酶活性促進MLL白血病發(fā)展

研究概述

大量的臨床樣本檢測發(fā)現(xiàn)，一個長鏈非編碼RNA(LncRNA)“LAMP5-AS1”在混合系白血病(MLL)中高表達，因此研究者們繼續(xù)探索了它在MLL中的的作用機制。通過RNA pull down和RIP-qPCR技術，他們發(fā)現(xiàn)了LAMP5-AS1的潛在結(jié)合蛋白—DOT1L（一種H3K79甲基轉(zhuǎn)移酶），并通過ChIP-seq和ChIP-qPCR實驗證明LAMP5-AS1能夠影響MLL融合蛋白核心靶基因的H3K79me2/3水平。本研究確定了lncRNA LAMP5-AS1在MLL白血病細胞的自我更新和分化阻滯中起重要的作用，對維持DOT1L酶的高活性有重要意義，可能成為治療MLL白血病的一個有價值的靶點。

研究路線

RNA pull-down * 客戶文章

RNA pull-down * 輝駿服務優(yōu)勢

輝駿生物RNA-pull down實驗技術服務分以下兩種：

1. RNA pull down WB，用于檢測目標RNA與某樣本中的待測蛋白是否存在相互作用；

2. RNA pull down MS，用于篩選目標RNA與某樣本中的哪些蛋白具有相互作用。

添加技術員微信了解服務詳情

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RNA pull-down服務優(yōu)勢*輝駿生物

RNA pulldown實驗外包服務樣本要求

1. 送樣量要求

▲注意：這里列出的均為每組樣本的送樣量，如果實驗和對照組用的樣本一致，此樣本量*2。詳細送樣指南可聯(lián)系輝駿生物客服或銷售索取。

2. 樣本保存和運輸要求：

（1）樣本用PBS清洗干凈后，離心去掉液體，先放入液氮中速凍，再轉(zhuǎn)移至-80℃冰箱中保存；

（2）樣本一定要做好標記，應用油性防凍記號筆或標簽紙在管上注明樣本名稱或編號；

（3）樣本較多或需要分批做，要將樣本分裝；

（4）干冰取樣/運輸；需要至少在送樣前一天通知我方。

RNA pull down實驗結(jié)果示例

RNA pulldown WB：Western blot檢測圖（陽性）

RNA pull-down MS：SDS-PAGE銀染檢測圖

RNA pull down-MS：質(zhì)譜檢索表格（部分展示）

RNA pull-down實驗技術服務客戶文章

3. Wang W.T. et al: The lncRNA LAMP5-AS1 drives leukemia cell stemness by directly modulating DOT1L methyltransferase activity in MLL leukemia. Journal of Hematology & Oncology.2020，IF=11.059. 【研究內(nèi)容】：研究顯示高表達的LncRNA LAMP5-AS1能降低MLL白血病患者5年生存率。利用RNA pull down配合蛋白質(zhì)質(zhì)譜鑒定技術，作者首次發(fā)現(xiàn)LAMP5-AS1和DOT1L蛋白可能形成復合物。DOT1L是表觀遺傳中非常重要的甲基化酶。作者通過RIP-qPCR進一步確定了MLL細胞存在該復合物，并通過截短型RNA pull down實驗進一步確定了DOT1L的結(jié)合序列。后續(xù)的ChIP-qPCR等實驗證實了該復合物能有效影響DOT1L對組蛋白H3K79的甲基化水平，從而影響細胞的增殖分化。 使用相關技術：rna pulldown實驗、rna pull down ms、rna pulldown探針

4. He S.W. et al: AR-induced long non-coding RNA LINC01503 facilitates proliferation and metastasis via the SFPQ-FOSL1 axis in nasopharyngeal carcinoma. Oncogene. 2020，IF=7.971. 【研究內(nèi)容】：lncRNA LINC01503在鼻咽癌中高表達，并且促進了腫瘤的不良預后。作者在此探討了LINC01503的作用機理，先用RNA pull down和質(zhì)譜鑒定，發(fā)現(xiàn)SFPQ蛋白可能和LINC01503結(jié)合。RIP-qPCR實驗確證了鼻炎癌中LINC01503募集了SFPQ基因。基于SFPQ-FOSL1軸在癌癥研究中的重要地位，作者后續(xù)的工作思路之一也是關注該信號軸，并設計了CHIP-qPCR等實驗做出證明。RNA pull down配合質(zhì)譜鑒定，為此文研究提供了關鍵性的研究源頭。 使用相關技術：RNA pulldown實驗、rna-pull down 打質(zhì)譜

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F2-RNA pull down試劑盒產(chǎn)品簡介

輝駿生物自主研發(fā)的 F2-RNA pull-down 試劑盒（專利號：ZL202111160837.9），利用一段只有16nt的RNA標簽“F2”與目標RNA連接，通過固定在磁珠上的特異性配體與F2標簽的強親和力，高效調(diào)取目標RNA，同時捕獲與之結(jié)合的蛋白；之后可以采用Western Blot技術檢測特定蛋白，也可以采用質(zhì)譜（LC-MS/MS）技術鑒定未知蛋白。

輝駿生物FII-RNA pull down試劑盒和方法及其應用專利證書

F2-RNA pulldown試劑盒產(chǎn)品應用

RNA結(jié)合蛋白（RBPs）是一類功能強大而廣泛的調(diào)節(jié)因子，約占細胞編碼的所有蛋白的5%-10%。除了少數(shù)RNA以核酶形式單獨發(fā)揮功能，大部分RNA通過與蛋白結(jié)合形成RNA-蛋白復合物來發(fā)揮作用。一方面，RBP參與RNA調(diào)控，另一方面，RNA也會調(diào)控RBPs。以下列舉了可應用F2-RNA pull down試劑盒幾個研究方向：

1. RNA活性、轉(zhuǎn)運、定位調(diào)控；

2. RNA穩(wěn)定性、翻譯和降解；

3. RNA合成、可變剪切；

4. RNA修飾；

5. RBPs的活性、定位或與其他蛋白質(zhì)相互作用。

F2-RNA pulldown試劑盒組分

F2-RNA pull down試劑盒產(chǎn)品優(yōu)勢

1、F2標簽是一段RNA序列，可以連接和標記各種類型的RNA；

2、F2標簽很短，只有16nt，幾乎不影響目標RNA的結(jié)構(gòu)或功能；

3、可以用于體內(nèi)或體外標記目標RNA；

4、F2標簽與其特異性配體具有很強親和力，能夠高效調(diào)取F2-RNA及其結(jié)合蛋白。

生物素RNA Pull down試劑盒簡介

RNA pull-down是檢測RNA及其結(jié)合蛋白（RNA binding protein，RBP）之間相互作用的主要實驗手段之一。生物素-RNA pull down試劑盒利用體外轉(zhuǎn)錄的生物素標記RNA來模擬天然RNA分子，作為探針，與樣本裂解液孵育，探針與裂解液中的蛋白形成RNA-蛋白質(zhì)復合物；通過鏈霉親和素磁珠與生物素之間的強親和力，特異性捕獲生物素標記的RNA，從而實現(xiàn)RNA結(jié)合蛋白（RBPs）的捕獲富集；之后可以采用Western Blot技術檢測特定蛋白，也可以采用質(zhì)譜（LC-MS/MS）技術鑒定未知蛋白。

生物素RNA pulldown試劑盒組分