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兩者都可用于差異較大的樣本（不同物種、不同組織部位），“有無”蛋白比較，不需要同位素標記，成本相對低；樣本不受限制，應用范圍廣。
label free確定是數(shù)據(jù)重復性稍差，缺失值較多。DIA非標定量蛋白質(zhì)組學的重現(xiàn)性較高，所有離子信息都能采集，缺點是需要預先建立數(shù)據(jù)庫，數(shù)據(jù)分析較LFQ復雜。