蛋白質(zhì)測序是一種通常利用 質(zhì)譜 (MS) 來確定蛋白質(zhì)氨基酸代碼的方法。 在質(zhì)譜法發(fā)展之前， Edman 降解 是一種涉及逐步降解肽以推導(dǎo)氨基酸順序的方法，是主流方法。 如今，質(zhì)譜法因其易用性和高通量能力而受到青睞，盡管 Edman 降解仍用于該技術(shù)非常適合的特定應(yīng)用。

蛋白質(zhì)測序經(jīng)常與 DNA 測序進行比較，因為兩者都用于生物鑒定。 然而，出于幾個原因，研究人員可能會選擇蛋白質(zhì)測序而不是 DNA 測序。 首先，與 DNA 測序相比，蛋白質(zhì)測序產(chǎn)生的針對序列庫的隨機匹配要少得多。 這是因為 DNA 依賴于四個堿基（A、T、C、G）。 因此，偶然預(yù)計兩個不相關(guān)的 DNA 序列具有 25% 的相似性。 相比之下，蛋白質(zhì)序列可以由 20 種不同的氨基酸生成，因此具有更高的靈敏度。 此外，盡管 DNA 數(shù)據(jù)庫目前的規(guī)模要大得多，但與蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫相比，它們受到更多冗余序列的困擾。 這意味著研究人員可以預(yù)期會遇到更少的蛋白質(zhì)測序隨機命中 。

其次，雖然 DNA 測序為了解可能產(chǎn)生的潛在細胞蛋白提供了一個窗口，但蛋白質(zhì)測序還可以提供有關(guān)翻譯后修飾 (PTM) 的信息，這些信息有助于蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)和功能 。 因此，蛋白質(zhì)測序在識別分子途徑中存在的實際效應(yīng)物方面特別有用。

新的蛋白質(zhì)測序

目的從頭是在不依賴先前建立的數(shù)據(jù)庫的情況下，在給定 MS 光譜的情況下重建肽/蛋白質(zhì)的氨基酸序列。 這種強大的方法是表征蛋白質(zhì)的關(guān)鍵，特別是新的蛋白質(zhì)序列。

從頭蛋白質(zhì)測序在抗體測序方面引起了很多關(guān)注。 抗體是我們免疫系統(tǒng)中必不可少的分子，是診斷和治療領(lǐng)域的寶貴工具。 在標準商業(yè)條件下，一旦給動物接種了所需的抗原，就開始產(chǎn)生抗體。 這驅(qū)動了一種免疫反應(yīng)，包括漿細胞的基因超突變和產(chǎn)生多克隆抗體的重排事件。 使用雜交瘤生成和單 B 細胞測序等分子技術(shù)，研究人員可以從混合物中分離出單個克?。?a href="http://www.yy5199www.com/KangtiCexu/" target="_blank">單克隆抗體）。

至關(guān)重要的是，用相同的抗原對原始動物進行免疫將產(chǎn)生不同批次的單克隆抗體——每一種都具有獨特的特定活性。  在這種情況下，DNA 測序可用于識別匹配的抗體；  然而，由于它涉及廣泛的生物信息學(xué)分析和詳細的工作流程，研究人員通常會選擇另一種方法。

從頭 使用質(zhì)譜進行 當與互補的生物物理和生化方法結(jié)合使用時，該方法還可以闡明抗體的結(jié)構(gòu)、親和力和 PTM。 此外， 從頭蛋白質(zhì)測序的一個重要特征是它避免了從基于同源性的數(shù)據(jù)庫 。 因此，它是抗體驗證過程的關(guān)鍵工具。

從實際的角度來看， 從頭蛋白質(zhì)測序特別有用，因為它可以在產(chǎn)生抗體的細胞系結(jié)束、DNA 不可用或生產(chǎn)動物死亡時使用。 因此，基于 MS 的 從頭 蛋白質(zhì)測序 是商業(yè)和非商業(yè)抗體研究和開發(fā)的絕佳工具。

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