染色質(zhì)的修飾對(duì)于調(diào)節(jié)幾乎所有以 DNA 為模板的生物過程至關(guān)重要。  單細(xì)胞染色質(zhì)修飾譜可用于評(píng)估染色質(zhì)修飾，這可以提供表觀遺傳變化和生理變化之間的關(guān)系。

染色質(zhì)修飾

染色質(zhì)修飾是通過共價(jià)組蛋白修飾和核小體修飾實(shí)現(xiàn)的。 組蛋白 乙?；?、去乙?；?、甲基化和磷酸化是共價(jià)組蛋白修飾的形式，由組蛋白乙酰轉(zhuǎn)移酶 (HAT)、組蛋白去乙?；?(HDAC)、組蛋白甲基轉(zhuǎn)移酶 (HNMT) 和激酶等酶進(jìn)行。 由 DNA 甲基轉(zhuǎn)移酶 (DNMT) 進(jìn)行的 DNA 甲基化和由激酶進(jìn)行的 DNA 磷酸化是核小體修飾的形式。 染色質(zhì)重塑對(duì)于調(diào)節(jié)基因表達(dá)和其他調(diào)節(jié)過程很重要，例如卵細(xì)胞 DNA 復(fù)制和修復(fù)、細(xì)胞凋亡和染色體分離。

染色質(zhì)修飾分析的類型

染色體免疫沉淀測(cè)序

染色體免疫沉淀測(cè)序 (ChIP-seq) 可以分析蛋白質(zhì)與 DNA 的相互作用，并提供有關(guān)表觀遺傳變化的信息。  ChIP-seq實(shí)驗(yàn)服務(wù)涉及將蛋白質(zhì)與 DNA 交聯(lián)，然后通過超聲處理進(jìn)行 DNA 片段化。  然后添加珠連接抗體以免疫沉淀靶蛋白。

染色質(zhì)免疫沉淀定量PCR分析

染色質(zhì)免疫沉淀定量 PCR 分析 (ChIP-qPCR) 可用于評(píng)估已知基因組結(jié)合位點(diǎn)的蛋白質(zhì)-DNA 相互作用。  當(dāng)位點(diǎn)未知時(shí)，可以針對(duì)潛在的調(diào)控區(qū)域（例如啟動(dòng)子）設(shè)計(jì) qPCR 引物。   ChIP-qPCR 具有與標(biāo)準(zhǔn) ChIP-qPCR 非常相似的程序，但在 ChIP-qPCR 實(shí)驗(yàn)結(jié)束時(shí)，得到的 DNA 會(huì)進(jìn)行 qPCR，然后進(jìn)行分析。

輝駿生物提供的ChIP染色質(zhì)免疫共沉淀服務(wù)分為以下兩種：

1. ChIP qPCR實(shí)驗(yàn)，用于檢測(cè)某樣本中的誘餌蛋白和待測(cè)DNA片段是否結(jié)合；

2. ChIP seq實(shí)驗(yàn)，用于篩選某樣本中的誘餌蛋白可以結(jié)合哪些DNA區(qū)域。

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ChIP服務(wù)優(yōu)勢(shì)*輝駿生物

質(zhì)譜

質(zhì)譜流式細(xì)胞儀結(jié)合了流式細(xì)胞儀和質(zhì)譜儀，用于辨別細(xì)胞的特性。  抗體與純?cè)亟Y(jié)合，用于標(biāo)記細(xì)胞蛋白。  然后將細(xì)胞霧化并通過氬等離子體將抗體電離。  產(chǎn)生的金屬信號(hào)由質(zhì)譜儀分析。  該方法用于分析染色質(zhì)修飾。

LC-MS/MS蛋白質(zhì)譜鑒定應(yīng)用范圍

★IP，Co-IP，Pull-down類蛋白相互作用樣本（膠條或溶液）的鑒定；

★細(xì)胞器，外泌體等簡(jiǎn)單樣本中的所有表達(dá)蛋白質(zhì)的鑒定（全譜分析）。

LC-MS/MS質(zhì)譜鑒定服務(wù)信息-輝駿生物

使用染色質(zhì)修飾 Pprofiling 進(jìn)行的發(fā)現(xiàn)

老化

最近，隨著年齡的增長(zhǎng)，觀察到表觀遺傳變異的數(shù)量增加。   多重質(zhì)譜流式分析用于在單細(xì)胞水平上分析原代人類免疫細(xì)胞中染色質(zhì)修飾的水平。   對(duì)年輕人和老年人進(jìn)行了差異分析，結(jié)果表明，衰老表明個(gè)體之間的異質(zhì)性增加，染色質(zhì)修飾的細(xì)胞間變異性增加。  這些發(fā)現(xiàn)顯示了年齡對(duì)染色質(zhì)修飾的影響。

乳腺癌

在乳腺癌模型的惡性轉(zhuǎn)化過程中發(fā)現(xiàn)了表觀遺傳變化。通過在乳腺上皮細(xì)胞中表達(dá)三種癌基因來制作乳腺癌模型。  進(jìn)行了 ChIP 分析，然后進(jìn)行了組蛋白甲基化的下一代測(cè)序。   使用蛋白質(zhì)印跡、定量逆轉(zhuǎn)錄酶 PCR (qRT-PCR) 和免疫染色來確定基因表達(dá)。   該研究發(fā)現(xiàn)，在乳腺癌模型中，參與抑制某些癌基因的兩個(gè)組蛋白標(biāo)記減少了。

免疫抑制

SUMOylation 是一種轉(zhuǎn)錄后修飾，涉及各種細(xì)胞過程，例如轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)、細(xì)胞凋亡、蛋白質(zhì)穩(wěn)定性和細(xì)胞周期進(jìn)程。  人類有 3 種 SUMO 蛋白（SUMO-1 和 SUMO-2/3）。  一項(xiàng)研究發(fā)現(xiàn)，皰疹病毒（卡波西肉瘤相關(guān)皰疹病毒 (KSHV)）已經(jīng)進(jìn)化出直接和間接調(diào)節(jié) SUMO 機(jī)制以避免宿主免疫系統(tǒng)的機(jī)制。  進(jìn)行的 ChIP-seq 實(shí)驗(yàn)發(fā)現(xiàn) KSHV 重新激活后 SUMO-2/3 顯著增加。   基因本體分析發(fā)現(xiàn)了參與細(xì)胞免疫反應(yīng)和細(xì)胞因子信號(hào)傳導(dǎo)的基因。  KSHV 通過增加 SUMO-2/3 的轉(zhuǎn)錄以阻礙免疫反應(yīng)來避免免疫系統(tǒng)。

結(jié)論

染色質(zhì)修飾的分析使我們能夠更好地了解某些生物過程和疾病。  進(jìn)一步的研究將提供更多關(guān)于有益染色質(zhì)變化的知識(shí)。