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根據(jù)樣品SDS-PAGE圖（注：SDS-PAGE無(wú)過(guò)度染色情況），判斷樣本本身的蛋白質(zhì)豐富程度，蛋白質(zhì)條帶較少或者較淺（含量低）都會(huì)導(dǎo)致鑒定結(jié)果不佳，可考慮增加樣本量再進(jìn)行檢測(cè)。

根據(jù)SDS-PAGE圖判斷樣品中是否存在高豐度蛋白質(zhì)，高豐度蛋白質(zhì)會(huì)影響樣本整體蛋白質(zhì)鑒定數(shù)量。

有些物種的數(shù)據(jù)庫(kù)質(zhì)量不好，包含的蛋白數(shù)目過(guò)少，這種可以考慮換大一級(jí)的物種分類數(shù)據(jù)庫(kù)，或者選擇在進(jìn)化樹上同源性較近的、研究比較清楚的、基因組數(shù)據(jù)庫(kù)相對(duì)完整的模式物種的數(shù)據(jù)庫(kù)重新查庫(kù)。

樣本中有污染或干擾物質(zhì)，例如常見的有PEG、各種表面活性劑（如SDS、CHAPS、Triton、Tweens、NP-40等），一般在質(zhì)譜的表現(xiàn)為規(guī)律的分子量間隔約44的峰。

輝駿生物會(huì)根據(jù)TIC、basepeak圖等，判斷酶解、儀器狀態(tài)等是否正常，如果是儀器問(wèn)題導(dǎo)致的鑒定結(jié)果不好，我方會(huì)即刻告知客戶并安排重復(fù)實(shí)驗(yàn)。

輝駿生物10年專注LC-MS/MS蛋白鑒定實(shí)驗(yàn)，服務(wù)到投稿，客戶已在Nature methods，Nature Cell Biology，Nature Plants，Nature communication，Annals of the rheumatic diseases，Journal of Hematology & Oncology等高水平期刊成功發(fā)表論文。

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