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通過精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)確定適當(dāng)?shù)闹委煼椒ㄐ枰獜慕M織樣本或液體活檢（如血漿/血清、痰、唾液、尿液和腦脊液）中檢查關(guān)鍵的新型生物標(biāo)志物，以進(jìn)行早期疾病診斷和預(yù)后。 非編碼 RNA（例如 microRNA (miRNA) 和 長鏈非編碼 RNA (lncRNA) 、 DNA 甲基化 和翻譯后組蛋白修飾）的分析是已用于癌癥診斷、預(yù)后和監(jiān)測反應(yīng)的表觀遺傳變量。

長鏈非編碼 RNA (lncRNA) 是一組轉(zhuǎn)錄物，由至少 200 個來自蛋白質(zhì)編碼位點或基因間區(qū)域的非蛋白質(zhì)編碼核苷酸序列組成。它們以前被歸類為“轉(zhuǎn)錄垃圾”。然而，證據(jù)表明它們在調(diào)節(jié)功能中的作用，它們的失調(diào)可能意味著人類癌癥即將發(fā)生和發(fā)展。研究表明，它們積極參與介導(dǎo)干細(xì)胞功能，因此增加了基因調(diào)控的復(fù)雜性。   雖然它們在正常干細(xì)胞中的重要性已得到證實，但很少有人關(guān)注它們在癌癥干細(xì)胞調(diào)節(jié)中的作用。  組織穩(wěn)態(tài)依賴于成體干細(xì)胞活性的范圍。 lncRNAs在干細(xì)胞中的作用主要是維持；  然而，它們在干細(xì)胞更新和分化中的作用（已經(jīng)在 microRNA 中建立）還有待詳細(xì)研究。

圖 1. 與肺癌相關(guān)的 lncRNA 候選篩選

LncRNA 的保守性較差。  與 rRNA 和 tRNA 一樣，lncRNA 通過形成二級結(jié)構(gòu)來運(yùn)作。  與蛋白質(zhì)不同，lncRNA 轉(zhuǎn)錄本中的 SNP 和移碼突變不太可能對 lncRNA 基因產(chǎn)生負(fù)面影響，因為只需要轉(zhuǎn)錄本的一小部分即可形成 3D 結(jié)構(gòu)以實現(xiàn)正常功能。  與蛋白質(zhì)編碼區(qū)相比，補(bǔ)償性突變在保留 lncRNA 二級結(jié)構(gòu)方面相對更常見。

在癌癥干細(xì)胞中，lncRNA目前被發(fā)現(xiàn)參與增殖、遷移、代謝、衰老、自噬、侵襲、凋亡、分化和多能性。  如表中所示，它們形成關(guān)聯(lián)，創(chuàng)造相關(guān)蛋白質(zhì)、mRNA 和 microRNA 的調(diào)節(jié)功能。

lncRNA 轉(zhuǎn)錄本列表及其各自的分子關(guān)聯(lián)和效應(yīng)（Mauger，2019）

在某些情況下，lncRNA 轉(zhuǎn)錄本可以根據(jù)某些分子相互作用促進(jìn)或抑制轉(zhuǎn)移和腫瘤生長。例如，在肝癌干細(xì)胞中下調(diào)的 lnc-DILC 或 lncRNA 作為腫瘤抑制因子，通過 IL-6 轉(zhuǎn)錄失活抑制 IL-6/STAT3 信號傳導(dǎo)，從而抑制肝癌和結(jié)直腸癌的腫瘤生長和轉(zhuǎn)移。  相反，lncDILC 也可以在膽囊癌中上調(diào)，通過 Wnt/β-catenin 通路激活促進(jìn)膽囊癌細(xì)胞的轉(zhuǎn)移和腫瘤起始。

LncRNA 雜交方法和蛋白質(zhì)/RNA 免疫沉淀是為鑒定 lncRNA-蛋白質(zhì)相互作用而開發(fā)的兩種方法。  具體來說，它們是 ChIRP、CHART、RAP、CLIP、HITS-CLIP 和 PAR-CLIP。  此外，新的 lncRNA 生物標(biāo)志物的鑒定是通過微陣列和 RNA-seq 進(jìn)行的。RT-qPCR 和數(shù)字 PCR 可以分析有限的一組探測 lncRNA 并量化低豐度 lncRNA。

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1. Mauger F, Deleuze JF. Technological advances in studying epigenetics biomarkers of prognostic potential for clinical research. InPrognostic Epigenetics. 2019.

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4. Zhang H, Wei P, Lv W, et al. Long noncoding RNA lnc-DILC stabilizes PTEN and suppresses clear cell renal cell carcinoma progression. Cell & bioscience. 2019, 9(1):81.

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