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兩者都可用于差異較大的樣本（不同物種、不同組織部位），“有無(wú)”蛋白比較，不需要同位素標(biāo)記，成本相對(duì)低；樣本不受限制，應(yīng)用范圍廣。 label free確定是數(shù)據(jù)重復(fù)性稍差，缺失值較多。DIA非標(biāo)定量蛋白質(zhì)組學(xué)的重現(xiàn)性較高，所有離子信息都能采集，缺點(diǎn)是需要預(yù)先建立數(shù)據(jù)庫(kù)，數(shù)據(jù)分析較LFQ復(fù)雜。

常用細(xì)胞組織等樣品提取total RNA，其中包含mRNA、lncRNA、miRNA和circRNA等所有的RNA種類(lèi)，暫沒(méi)有方法直接提取circRNA。但可以對(duì)total RNA進(jìn)行RNase R消化處理，以使circRNA得到富集。

CircRNA的形成和線性RNA不同，因此對(duì)circRNA的過(guò)表達(dá)不能直接將序列連接到常規(guī)的真核表達(dá)載體（如pcDNA3.1）來(lái)進(jìn)行。 已明確的circRNA形成依賴于側(cè)翼序列中的反向互補(bǔ)序列（RCMs，如Alu元件）或與能調(diào)控circRNA生成的蛋白（如QKI）的結(jié)合位點(diǎn)，因此構(gòu)建載體時(shí)可以在circRNA序列上下游分別增加一段反向

考慮感興趣的circRNA是否能翻譯蛋白，可先以O(shè)RF Finder分析序列基礎(chǔ)，預(yù)測(cè)是否有合適的ORF。有一個(gè)跨越j(luò)unction的ORF是最理想的，序列內(nèi)部不跨越j(luò)unction的ORF可能和mRNA一樣，沒(méi)辦法特異研究circRNA。